Si tu no has sido el culpable del siniestro, puedes reclamar el valor de un vehículo de similares carácteristicas e incluso el pago de la factura del taller (eso si tu primero has de pagar y con las facturas reclamar)
Lo mejor es que te dirijas a un abogado especializado, tipo los que algunas pólizas de seguros incluyen como defensa juridica o tipo los que ofrece el RACC a sus asociados.

Yo tube un caso similar con un coche, la reparación subía a 4000 Euros y me daban 950 Euros por el coche, compré uno del mismo modelo un poco más moderno por 2500 y di de baja el siniestrado. A través del RACC reclamé el valor del vehículo similar y tras casi un año de papeleo y días antes de la fecha del juicio la compañía tercera accudió a pagarme los 2500 que me costó el coche. Eso si, todo con facturas, recibos y documentos oficiales (Baja, factura, etc...) Supongo que comprando una moto similar a un particular sería algo más complicado pero no imposible.

La otra vía es pagar la reparación y reclamar por la misma vía de abogado el importe (legalmente es factible) pero al ser tan diferentes el importe de la reparación con el valor del vcehículo es más arriesgado y si no lo logras arriesgas más dinero.

Espero que mi comentario sea útil y que tengas suerte.