Mira toni he encontrado esto por ahi en el google de alguien con tu problema:

Mira yo tuve una er5.
Cambié una gpz con un amigo y la er tenía muy buenos bajos y medios pero moría a 9000 rpm, la gpz no tenía ni bajos ni medios pero se volvía loca hasta las 11000. Y da 10 cv,s más.
Con un escape abierto de carbono apareció un bache a las 7000(Que era donde antes empezaba a tirar) pero estiraba con ganas hasta las 10000 (En 6ª).
Con 85000 km me empezó a sonar la 6ª velocidad y me dieron un presupuesto acojonante, recomendándome buscar un motor de desguace.
Como para desguace ya tenía el mío encargué una fz6n y guardé la kawa para mas adelante. Total que antes de que llegara la nueva otro conocido con una gpz muy cuidada y con pocos km tuvo un golpe y se la dieron siniestro total (Tenía solamente carenado un escape un semimanillar y una estribera un poco tocados), hablé con el del taller y llegamos a un acuerdo razonable y me montó el motor entero, primero con el cdi de la gpz, pero como no cambió el resto del sistema eléctrico no pasaba de 140 km/h y entonces le puso el cdi original de la er5 y sus carburadores (Ya carburados con el escape) y entonces funcionaba igual que con el original, como la compró un chaval que la quería limitada la dejamos tal cual, sino hubiera cambiado el resto de la instalación buscando los 60 cv,s.
Como cosa curiosa la palanca de cambio va directa en la er y con reenvio en la gpz, con la palanca original queda la 1ª para arriba (Como en competi) y le transplantaron el reenvío de la gpz que para mi gusto quedaba muy alejado de la estribera (Se lo di también al nuevo propietario con el consejo de que pusiera el original).
Los anclajes y demás todos iguales, solo cambia el color del motor.
Cuando compré la kawa el mecánico me dijo que curioseando no encontraba más diferencia entre er y gpz que el cigueñal, pero por ej con mi viejo motor quisieron usar el alternador con una 3ª gpz que estaba averiada y por lo visto no son iguales.
Al final la avería era la varilla del selector que estaba tocada.
Sobre comprar un motor de desguace... En los mejores desguaces arrancan la moto antes de desmontar y para ellos eso es prueba de que está O:K.
Mi kawa aún no consumía aceite, corría más que de nueva y nunca tuvo ninguna avería por lo que en un desguace mi motor estaría perfecto... aunque tuviese una avería de más de 600 € . Yo tuve la "suerte" de ese siniestro de una moto que conocía desde nueva, pero sino no me hubiera arriesgado.
por cierto el nuevo dueño ha ido preguntando al taller con unos amigos que si no tienen más motos como la mía ya que está encantado.


A ver si esto te aclara algo