Las piezas son idénticas, y cumplen la misma homologación que una DR650SE del año 2000, por poner un ejemplo. De hecho probablemente el motor nuevo contamine bastante menos que el viejo hecho polvo. Como dicen por arriba, mientras pagues aranceles de importación, y no utilices el chasis nuevo para circular, no estás cometiendo ninguna irregularidad, ni tributaria, ni con respecto al reglamento de circulación. Aquí somos muy legales.

Con respecto al tema economico, pues probablemente la moto saldría por un precio de entre 7 y 8.000 euros, y sería difícil recuperarlos en la reventa. Pero si es para guardar la moto muchos años, tal vez compense. Es una moto durísima con mucho menos mantenimiento y posibilidades de rotura que una 690 por ejemplo, y si se documenta todo el proceso, también se puede revender por más dinero que una antigua.
Personalmente buscaría en los USA una de segunda mano pero reciente (2014-2017) cargada hasta arriba de accesorios (depositaco, parrilla, cubrecarter, etc.), y probablemente por menos de 5.000 euros en total tendrías un buen bicho para siempre.

Lo mismo se puede hacer con una DRZ, aunque por aquí se pueden encontrar con "solo" diez años.